После окончания Кавказской войны просветительская деятельность церкви была поставлена в новые условия. Епархиальное начальство приступило к разработке специальных программ, в которых указывалось о чем и как говорить с раскольниками и православными. Само собой, что эти программы не везде и не всегда выполнялись. Программа могла видоизменяться применительно к требованиям слушателей. Для открытия бесед священнику необходимо было специальное разрешение: «18 декабря прошлого, 1882, года разрешено настоятелю церкви станицы Динской, священнику Филиппу Николайченко вести внебогослужебные собеседования с прихожанами о религиозно-нравственных предметах с тем, чтобы беседы ведены были по предварительно составленному плану и чтобы после каждой беседы составлена была хотя бы краткая запись о том, что оной было говорено и происходило».
Организация и проведение внебогослужебных собеседований возлагались на Свято-Андреевское братство, деятельность которого, впрочем, не ограничивалась только ими. Когда в епархии стали открываться церковно-приходские школы, братство направило своих членов в эти учебные заведения. Свою же школу, где бесплатно обучались дети жителей города, братство отдало в распоряжение правления семинарии. Школа содержалась на средства братства. Воспитанники семинарии как бы проходили в ней «педагогическую практику», готовясь к будущему своему служению в качестве руководителей и устроителей церковно-приходских школ. Братство снабжало школы учебниками и учебными пособиями, устраивало школы в беднейших приходах. К 1883 году насчитывалось 109 церковно-приходских школ, число обучавшихся там детей достигало 2600.
Огромную роль в деле миссионерства играла издательская деятельность епархии. В 1873 году по постановлению Священного Синода разрешено издание «Кавказских епархиальных ведомостей» по утвержденной программе (№ 860 от 29 июля 1872 года), с двумя разделами - официальным и неофициальным. Редактором официального раздела был назначен секретарь консистории Иван Спасский, а неофициального - смотритель духовного училища Григорий Михайловский, о чем докладывал Синоду епископ Кавказский и Екатеринодарский Герман. Главной заслугой «Кавказских епархиальных ведомостей» было то, что они разрабатывали вопросы, имеющие значение в местной епархиальной жизни, знакомили духовенство и население с учением, жизнью и религиозно-нравственным состоянием раскола, местных сект, мусульман и язычников.
В 1885 году был издан указ Государственного совета об учреждении на Северном Кавказе самостоятельной Владикавказской епархии с включением в ее состав всей Терской области, причем новая епархия в церковно-административном отношении была подчинена экзарху Грузии наравне с другими епархиями Грузинского экзархата. В этом же 1885 году была утверждена Сухумская епархия вместо бывшей Абхазской. Таким образом, в 1885 году единая Кавказская церковь распалась на несколько епархий. К этому моменту в нее входило свыше 600 церквей и до полутора миллионов православного населения. После разделения в Кавказской епархии осталось до миллиона двухсот тысяч православных и 406 церквей, из них каменных - 101, деревянных - 298 и саманных - 7, и 5 монастырей - 3 мужских и 2 женских.
Общеепархиальный съезд духовенства на 1887 года выработал следующее постановление по вопросам христианского просвещения края:
1. Предписать священникам, в приходах которых есть раскольники и сектанты, безотлагательно заняться изучением сектантского движения, собрать точные сведения о лицах, занимающихся пропагандой раскола и сектантства и пользующихся особым влиянием между отступниками. Указать меры, которые в местных условиях могли бы быть наиболее эффективными для прекращения пропаганды и скорейшего возвращения отступников в лоно православной церкви. Все эти сведения духовенство епархии обязано представить в совет Ставропольского Андреевского братства, а совет должен заняться обработкой доставленного материала и ознакомить все епархиальное духовенство. Для этого использовать издания отдельных брошюр или через «Ставропольские епархиальные ведомости».
2. Для того, чтобы каждому священнику была дана возможность познакомиться во всех подробностях с историей и учением раскольников и сектантов и с полемической литературой против раскола и сектантства, необходимо открыть в каждом благочинии окружные библиотеки, в которых, кроме книг и брошюр религиозно-нравственного содержания, должны иметься, по возможности, все издания, уважаемые раскольниками, хотя бы единоверческой печати (т. е. перепечатанные в Московской единоверческой типографии), а также все полемические издания против раскола и сектантства.
3. Для более прочной постановки миссионерского дела среди магометан и ламайцев в пределах Ставропольской епархии было предложено духовенству епархии приложить старание к увеличению сбора в неделю Православия, а перед Его Преосвященством ходатайствовать о разрешении сделать этот сбор постоянным, чтобы дать Ставропольскому Свято-Андреевскому братству средства на учреждение двух миссионерских станов - одного для мусульман и другого для ламайцев - с опытными миссионерами, которым и поручить дело обращения в православие мусульман и язычников.
Но не всегда среди миссионеров встречались терпимые и высокообразованные люди. В бытность Преосвященного Ставропольского и Екатеринодарского Агафодора (1893-1919) в Священном Синоде было заведено дело о миссионерской деятельности архимандрита Исидора. 16 августа 1894 года Главнокомандующий гражданской частью на Кавказе докладывал Преосвященному Агафодору, что в Кубанской области в течение многих лет проживал раскольничий лжеепископ Силуан, в самовольно устроенном им раскольничьем ските. Этот скит, называвшийся Николаевским, находился в местечке Обвалы. Деятельность этого лжеепископа была весьма вредной для православной церкви, а сам скит был центром раскольничьей пропаганды.
К концу XIX века в среде сектантов обостряются противоречия. Так, в 1885 году начинают распадаться секты хлыстов, управлявшиеся одним руководителем Катасоновым до его смерти. Каждый из помощников организует свою секту, утверждая, что именно ему было завещано руководство: в Кубанской области секту возглавил Роман Лихачев, в Ставропольской губернии - Яков Илюшин, в Георгиевске Терской области - Петр Лордухин, во Владикавказе - Иван Фадеев. В начале XX века сектанты вели активную работу среди казачества с целью убедить их покинуть пределы Российской империи и всем обществом выехать за рубеж. В 60-х годах XIX века на Северном Кавказе возникает очаг баптизма; в 70-80-е годы в Терской области, во Владикавказе, Моздоке, Георгиевске, Грозном, на станциях Троицкой, Новотерской и др. появляются баптистские группы, вышедшие, в основном, из молокан. В 80-х годах в баптистских общинах отмечались случаи перехода верующих в адвентизм, что свидетельствовало о разочаровании как в доктрине, так и в иерархических порядках баптизма. Сектантство все больше теряло значение как форма демократического протеста. В начале XIX века меннониты заселили Крым и Новороссию. Здесь в результате дальнейшей трансформации из меннонитов выделилась группа так называемых новоменнонитов. Они подвергались преследованиям со стороны староменнонитов. Создав братскую общину, новоменнониты поселились в Кубанской области и Ставропольской губернии.
Немецкое население Северного Кавказа было поликонфессиональным. Для многих протестантов именно религиозный фактор обусловил их появление в регионе. Так, в соответствии с религиозными убеждениями последователи меннонитства - движения исхода - нашли на обустраивавшемся Северном Кавказе места с простыми формами жизни, что позволило им приблизить свой уклад и быт к евангельским нормам. На территории Ставропольской губернии, Кубанской и Терской областей сторонники «исхода» основали 8 поселений. Центром «движения исхода» стала колония Гнаденбург Терской области. В мае 1882 года Гнаденбург получил статус немецко-российской общины исхода, подчинявшейся в светских делах законам России.
Благоприятные условия для миссионерской деятельности привлекли сюда последователей реформаторства. Подвергаясь преследованиям со стороны православной церкви, на Северный Кавказ были высланы штундисты и часть баптистов. На протяжении XIX-XX веков на территории Северного Кавказа существовало 6 евангелическо-лютеранских приходов, объединявших лютеран и реформаторов. Все приходы с филиалами входили в местную Московскую консисторию. Высшим административным церковным органом была Генеральная консистория (Санкт-Петербург). Организация управления евангелическо-лютеранскими приходами на Северном Кавказе, при дисперсном расположении сельских религиозных общин, имела свои особенности: так, в отличие от управления приходами Поволжья, оно осуществлялось не общим духовным собранием прихожан, а представительным органом - церковным советом. Другой особенностью являлось то, что в удаленных сельских общинах духовным посредником и авторитетом был кистерлерер (церковный учитель). Деятельность пастыря протекала, в основном, в городе. Несмотря на удаленность Генеральной и Московской консисторий, связь с приходами была постоянной.
Агафодор. При Агафодоре произошло усиление борьбы с сектантством и старообрядчеством. Для борьбы с расколом и сектантством Священным Синодом, помимо приходских священников, были назначены около 250 специальных миссионеров. Усилить эту борьбу должны были 8 братств. Кроме того, в епархиях существовали особые миссионерские комитеты и союзы. В Вятской, Донской, Самарской, Саратовской епархиях были созданы особые миссионерские школы, в которых подготавливали миссионеров-начетчиков. За 50 лет (по данным на 1900 года) в православную веру из раскола и сектантства обращено 311 279 человек, в т. ч. 135 333 человека на правах единоверия. За этот период Священный Синод понял, что жесткие меры в отношении раскола и сектантства не всегда дают необходимый результат. Поэтому уже в законе от 3 мая 1883 года говорилось: «В тех местах (селениях и станицах), где население раскольников составляет не менее ¾ всего народонаселения, им позволяется иметь собственное выборное начальство». Преосвященный Агафодор прекрасно понимал, что в конце XIX века насильственными мерами искоренить раскол и сектантство невозможно. Поэтому епископ Кавказский главной задачей в деле миссионерства ставит практическую просветительскую деятельность, которая включала бы в себя:
1. Открытие на территории епархии новых миссионерских братств. 2. Открытие в городах культурных центров. Для этой цели миссионерам необходимо привлекать просвещенную и образованную интеллигенцию из числа православных. 3. В селениях и городах открыть церковно-приходские школы. 4. При монастырях открыть детские приюты для бездомных детей, где, по возможности, давать образование каждому ребенку. 5. Создать в городах и селениях Кавказской епархии библиотеки с книгами духовной направленности.
Для борьбы с пропагандой сектантства православная миссия признает одной из самых радикальных мер организацию так называемых миссионерских противосектантских курсов. Опыт показал, что ревнители веры и церкви из народа, ознакомленные с приемами противосектантской полемики, приносят на местах несомненную пользу, помогая пастырям церкви бороться с сектантским злом, умело выступая на защиту попираемых последним догматов и святынь православия. В 1899 году за успехи в деле просвещения Святейший Синод наградил орденами большое число священников епархии.
В станице Лабинской Преосвященным были посещены два храма: старейший Николаевский - двухклирный, двухпрестольный, построенный в 1855 г. при помощи войска, и Успенский - одноклирный, построенный населением станицы в 1890 году. В 1899 году население Лабинской составляло 15 тысяч человек. Агафодор пристально наблюдал за церковным строительством в епархии, так как считал, что идти к красоте внутренней, духовной нужно через красоту внешнюю - и наоборот. Поэтому в годы его правления церкви преображаются, станицы как бы соперничают между собой в строительстве храмов и их архитектуре. В Лабинской Агафодор встретился со священниками ближайших приходов, от которых узнал, что в горном селении ауле Ходзь среди мусульман преобладает мнение по поводу принятия ими христианства, «что многие на пути к православию, которое исповедует "Белый царь", но они не решаются единично оставить мусульманство, пока не созреет это желание во всем населении». Преосвященный посоветовал усилить миссионерскую деятельность в этом ауле.
Андреевско-Владимирское братство в Ставрополе содержало благотворительные учреждения, к которым относились дешевые или бесплатные столовые для бедных, приюты для бездомных детей, дома для беспомощных и престарелых граждан. Приют для бездомных детей располагался в двухэтажном каменном корпусе и двух флигелях. В восточном флигеле были размещены детские мастерские, также имелась прачечная с домашней детской баней. В западном флигеле жила учительница. Там же находилась больница. Всего в здании было 26 комнат. В 1891 году открылась столярная мастерская, в 1893 - переплетная. Таким образом, приют давал не только крышу, но и специальное образование.
Для епархии Преосвященным Агафодором была утверждена инструкция по поводу годового отчета, который представлялся окружными миссионерами не позже января месяца. В нем же они должны были осветить деятельность помощников миссионеров. Также были установлены форма и содержание годового отчета.
Преосвященный Агафодор был последним архиепископом Кавказским и Ставропольским. Время его служения, с точки зрения распространения православной культуры, было самым плодотворным. В 1894 году была учреждена церковно-археологическая комиссия для изучения жизни местной церкви со времени появления христианства, в 1900 году - епархиальный комитет Православного миссионерского общества, в 1901 году в образцовой школе духовной семинарии открыты курсы для миссионеров. Одновременно во многих местах епархии создаются миссионерские кружки. В 1904 году организованы беседы с сектантами в коллективном собрании миссионеров. В 1905 году начали устраиваться церковно-приходские собрания и учреждаться церковно-приходские советы.
В 1906 году открывается музей Археологического общества, в котором было несколько отделов: археологический, церковно-исторический, миссионерский. Музей располагал портретным залом, библиотекой, архивом; им был выпущен сборник «Церковная старина на Северном Кавказе». В 1907 году открыто Ейское викариатство. В 1911 году начинает издаваться приложение к «Ставропольским епархиальным ведомостям» - «Миссионерские известия». Незадолго до смерти Агафодора образуется самостоятельная Кубанская епархия, насчитывавшая в своем составе до 500 приходов.
