Деятельность муфтия Абубакарова носила антиваххабитский характер, он поддерживал позицию дагестанских властей по отношению к ваххабитам. Конфликт между дагестанскими властями и ваххабитами приобретал острую форму. На антиваххабитские действия дагестанских властей, усилившиеся после убийства муфтия Абубакарова, отреагировал Басаев, избранный председателем Конгресса народов Ичкерии и Дагестана. Он заявил, что в случае применения оружия против братьев-мусульман, объявивших действие шариата на своей территории, с его стороны будет оказана всяческая помощь.Генералы во второй военной кампании в Чечне, обвиняя политиков в том, что они украли у них победу в первой войне, требовали свободу действий, чтобы довести войну с Масхадовым до победного конца.
Заявление Басаева противоречило официальной политике руководства Ичкерии. На это указал и первый вице-премьер Чечни Турпал-Али Атгериев, который заявил, что деятельность ваххабитов, составлявших значительное меньшинство мусульман Дагестана, направлена против его народов, ненавидящих ваххабитов, а чеченское вмешательство - не только ошибка, но и провокация, цель которой не допустить укрепление Чеченского государства.
В конфликт между ваххабитами и властью в Дагестане вмешивается министр внутренних дел России Степашин, который после встречи с карамахинцами признал обоснованными их претензии к коррумпированной власти и предложил им и средствам информации не допускать в публикациях употребление ярлыка «ваххабиты». В свою очередь карамахинцы обязались подчиняться российским законам. Острота конфликта между ваххабитами и властью в Дагестане временно снимается при посредничестве российского министра внутренних дел. Кроме того, Степашин, пообщавшись с карамахинцами, направляет им в обход власти Дагестана гуманитарную помощь в лекарствах. Новый муфтий Дагестана Ахмад-хаджи Абдулаев заметил, что гуманитарную помощь Дагестану следовало бы оказывать через министерство здравоохранения республики. И далее подчеркнул, что «люди у нас говорят: откуда известно, что там были медикаменты или оружие?»
По поводу убийства муфтия Дагестана высказывались различные точки зрения. Абубакаров - воспитанник традиционного для Дагестана и Чечни ислама, последовательно и смело выступал против ваххабизма, изобличая его идеологию, практику, заявлял о потенциальном вреде, который может исходить от него для мусульман не только Северного Кавказа, но и для всей России. В интервью «Литературной газете» он подчеркивал, что «ваххабизм - псевдоислам, он лишь носит исламскую маску, это идеологическое и политическое течение с экстремистским уклоном, Хаттаб ислам в Чечню не принес, он его идеологизирует, сам глубоко его не зная». Выражая свою позицию к деятельности Хаттаба, Абубакаров говорил, что раз он «объявил газават ради Аллаха, почему он не пошел в Палестину, ближе к Иордании». Муфтий подвергал критике руководство Дагестана, не применяющего меры в соответствии со статьями Уголовного кодекса России против действий ваххабитов, «разжигающих межнациональную и межконфессиональную рознь», обвинял в связях с ваххабитами и Хаттабом бывшего секретаря Совета Безопасности Дагестана Магомеда Толбоева.
В Ингушетии против распространения ваххабизма выступил Президент Руслан Аушев, поддерживаемый официальным духовенством. Он фактически запретил их деятельность в Ингушетии, выдворил из республики приезжих арабов, осуществлявших преподавание ислама, в учебных заведениях, им же созданных. Для противодействия ваххабизму на Северном Кавказе в Назрани создается координационный центр мусульман Северного Кавказа, в состав которого вошли муфтии Дагестана, Чечни, Ингушетии, Северной Осетии-Алании, Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкессии. Этот центр, по замыслу его организаторов, был призван решать задачи миротворческого характера, сохранения стабильности в регионе и сдерживать распространение ваххабизма. Председателем его сроком на один год был избран муфтий Ингушетии Магомед Албогачиев. Появление этого центра стало возможно после гибели одного из авторитетнейших мусульманских лидеров Северного Кавказа. Создание антиваххабитского центра явилось ответной реаакцией традиционного ислама на угрозу со стороны религиозного радикализма.
Очередной виток военных столкновений между ваххабитами и представителями традиционного ислама был связан с тем, что 1500 вооруженных дагестанских ваххабитов, возглавляемых Кебедовым, по приглашению властей Дагестана отправились в Цумадинский район, якобы для решения вопросов о примирении. По мнению Адалло Алиева, аварского поэта, одного из руководителей Конгресса народов Ичкерии и Дагестана, «подоплека этого возвращения ваххабитов связана с тем, что к дагестанским моджахедам, проживавшим в Чечне, которые занимались коммерцией, учились религиозным наукам, обучались азам военного искусства, в июне-июле 1999 года одним за другим зачастили высокопоставленные чиновники из Дагестана». Эти чиновники приглашали их домой с оружием в руках, обещая личную неприкосновенность. Поверив им некоторые жители Цумадинского района во главе с Кебедовым вернулись в отчий край.
Итогом этого возвращения стало то, что в июне 1999 года в Цумадинском районе религиозные экстремисты во главе с Магомедом Курамагомедовым и Багаутдином Магомедовым (Кебедовым) заявили о создании в населенных пунктах Эчеда, Хвайниколо, Сильди, Гакко территории с шариатской формой правления по карамахинскому вариатнту. Это событие явилось началом крупномасштабного конфликта в Дагестане. Ваххабиты Кебедова были окружены войсками и милицией и от них потребовали сложить оружие. После отказа выполнить требование властей началась операция по их подавлению. Дагестанские ваххабиты попросили помощи у «братьев-мусульман» Хаттаба и Басаева. 2 августа 1999 года в горный Дагестан с территории Ичкерии вошли вооруженные группы во главе с Басаевым и Хаттабом. Как отмечает Адалло Алиев, в общем числе вошедших в горный Дагестан моджахедов чеченцы составили всего 10%, что полностью отвергает высказывания отдельных дагестанских политиков и ученых о якобы совершенной агрессии чеченцев против Дагестана. Боевики захватили часть Ботлихского и Цумадинского районов при этом они не встретили сопротивление со стороны пограничников. Как отмечал Рамазан Абдулатипов, за два месяца до этих событий пограничный пост, расположенный между Веденским районом Чечни и Ботлихским районом Дагестана, был снят. Более того за месяц до нападения на горный Дагестан боевиков Хаттаба и Басаева руководство этой республики было предупреждено, о готовящейся провокации, однако никаких упреждающих мер по предотвращению этих событий принято не было. Дагестанские и чеченские боевики, прошедшие подготовку на диверсионных базах Хаттаба и Басаева без препятствий вторглись в соседнюю республику. Ваххабиты Кебедова были спасены от поголовного уничтожения.
Федеральные войска вытеснили боевиков из Дагестана и военные действия были перенесены на территорию Чечни. Но и в самом Дагестане происходили ожесточенные сражения между дагестанским ополчением и ваххабитами, обосновавшимися в Карамахи и Чабанмахи. В этот момент, чтобы облегчить участь уничтожаемых в Чабанмахи ваххабитов, Руслан Гелаев и другие полевые командиры совершают нападение на Новолакский район, что привело к временному отвлечению федеральных войск от Чабанмахи. В итоге ваххабитские селения были разрушены, в ходе боев погибли сотни противоборствующих сил, семья ваххибитов были изгнаны из них.
В сентябре 1999 года в Чечне начались крупномасштабные военные действия. Военное командование приняло решение окончательного разрешения «чеченского вопроса». Генералы во второй военной кампании в Чечне, обвиняя политиков в том, что они украли у них победу в первой войне, требовали свободу действий, чтобы довести войну с Масхадовым до победного конца. Одновременно Москва требовала от Масхадова, чтобы он осудил действия Басаева, Хаттаба и присоединился к федералам. Однако Масхадов не принял эти условия, поскольку видел в России врага, а ваххабитов во главе с Басаевым, хоть и считал своими политическими противниками, но не врагами.
В связи с усилением в российском обществе державных тенденций в общественном сознании начала доминировать установка на силовое разрешение российско-чеченского конфликта. Происшедшие в 1999 году теракты в Буйнакске, Москве, Волгодонске, повлекшие за собой нескольких сотен человек, и обвинения в этом чеченцев, окончательно укрепили эту точку зрения и обусловили развертывание масштабных военных действий в Чечне.
